Guía · Actualizada el 8 de noviembre de 2026

Facturación electrónica para consultorios y centros médicos en Ecuador: lo que exige el SRI en 2026.

Escrita para el médico que factura por su cuenta y para el administrador de un laboratorio, dispensario o clínica. Qué comprobante le toca, qué cambió en 2026 y los errores que hacen que el SRI le devuelva una factura. Al final, cómo revisar si un sistema (el nuestro incluido) cumple.

Escrita por Simón Vanegas, fundador de NEO AGORA y desarrollador de RAIDZERO, desde Milagro (Ecuador). No es asesoría tributaria: su contador tiene la última palabra sobre su caso.

La respuesta corta

Factura electrónica, firma propia y envío al instante.

Si usted tiene RUC y atiende pacientes, emite factura electrónica, no nota de venta: la medicina es un servicio profesional y está fuera del RIMPE. La consulta lleva IVA 0 %, pero se factura igual. Necesita su propia firma electrónica (archivo .p12), y desde el 1 de enero de 2026 cada comprobante se transmite al SRI en el momento: ya no hay cuatro días de plazo. A consumidor final, sin datos del paciente, solo hasta US$50.

Lo que exige el SRI

Siete reglas que aplican a su consultorio.

Cada fila lleva su fuente al final de la guía. Las normas cambian: si lee esto meses después, compruebe que sigan vigentes.

ReglaQué significa en la práctica
Factura electrónica obligatoriaDesde el 30 de noviembre de 2022 (resolución NAC-DGERCGC22-00000024), quien está obligado a facturar lo hace en modalidad electrónica. Los blocks impresos ya no sirven para un médico.
Régimen general, no RIMPELos servicios profesionales, los que exigen título de tercer nivel, están excluidos del RIMPE. Médicos, odontólogos y psicólogos facturan en el régimen general; los laboratorios médicos también aparecen entre las exclusiones.
IVA 0 % en saludLos servicios de salud humana tienen tarifa 0 % (Ley de Régimen Tributario Interno, art. 56). Lo que no es salud, como un procedimiento estético sin fin reconstructivo o la venta de ciertos productos, puede llevar la tarifa general.
Firma electrónica propiaCada emisor firma con su propio certificado .p12, emitido por una entidad certificadora autorizada. No se puede facturar con la firma de otra persona, ni con la del proveedor del sistema.
Transmisión inmediataDesde el 1 de enero de 2026 (resolución NAC-DGERCGC25-00000017) cada comprobante se envía al SRI en el momento de emitirlo. Se eliminó el plazo de cuatro días hábiles: facturar al final de la semana ya no está permitido.
Tope a consumidor finalSin datos del paciente, la factura puede ir a «consumidor final» solo hasta US$50 de importe total. Por encima, el SRI la rechaza.
Conservar siete añosLas facturas electrónicas se guardan siete años. Lo que vale es el archivo XML autorizado; el PDF (RIDE) es solo su representación impresa.

Si usa un sistema contratado a un tercero, desde julio de 2026 (resolución NAC-DGERCGC26-00000027) sus comprobantes deben llevar el RUC del proveedor del sistema en la información adicional. Pregúntele a su proveedor si ya lo hace.

Lo que comprobamos nosotros

El tope de US$50, probado contra el SRI.

La prensa no se ponía de acuerdo entre «más de 50» y «desde 50». Lo probamos el 5 de noviembre de 2026 en el ambiente de pruebas del SRI, con facturas a consumidor final y tarifa 0 %:

Importe totalRespuesta del SRI
US$49,99Autorizada
US$50,00Autorizada
US$50,01No autorizada: «La factura supera los 50 USD de importe total por cuanto no puede ser emitida a nombre del CONSUMIDOR FINAL»

Ojo con un detalle: el SRI primero recibe la factura y la rechaza después, en la autorización. Para entonces el número de factura ya se usó. Por eso conviene que el sistema lo controle antes de cobrar.

Errores frecuentes

Cinco errores que le devuelven la factura.

01

Consumidor final por más de US$50

Un control de laboratorio o un paquete de exámenes supera el tope con facilidad. Pida la cédula antes de cobrar.

02

Firma vencida

El día que caduca el .p12, no sale ninguna factura. Anote la fecha de vencimiento y renueve con semanas de anticipación.

03

«FIRMA INVALIDA» sin razón aparente

El archivo .p12 del Banco Central trae varios certificados y solo uno sirve para firmar. Si el sistema toma el primero, el SRI responde «FIRMA INVALIDA». Nos pasó a nosotros en pruebas, y lo corregimos.

04

Facturar al cierre del día

Con la transmisión inmediata, la factura sale cuando se cobra. Acumular para la noche o el viernes ya es incumplir.

05

Cobrar IVA en la consulta

Pasa cuando el sistema trae una sola tarifa para todo. Cada servicio o producto debe tener la suya.

Gratis o con sistema

¿Facturador del SRI o un sistema?

Para facturar no hace falta pagar a nadie. Lo que un sistema ahorra es tiempo y errores, no el cumplimiento.

Facturador SRI

Gratis y suficiente si factura poco

Es en línea, sin límite de comprobantes, con su usuario de SRI en Línea y su firma. La contra: cada factura se escribe a mano y no se conecta con su agenda, su caja ni la historia clínica.

Sistema

Conviene cuando factura todo el día

La factura sale de la cita o del cobro, sin volver a escribir datos, con varias personas cobrando y un cuadre de caja al final. La contra: se paga, y hay que revisar que cumpla las reglas de arriba.

Antes de contratar

Seis cosas que debe hacer cualquier sistema.

Pídale al proveedor que se las muestre funcionando, no que se las cuente.

01

Controla el tope de US$50

Avisa antes de cobrar, no después de que el SRI rechace.

02

Envía al instante y muestra el estado

Autorizada o rechazada, con el motivo, en la misma pantalla del cobro.

03

Avisa antes de que venza la firma

Con tiempo para renovarla sin dejar de facturar.

04

Tarifa de IVA por servicio

Consulta al 0 % y lo que grave, con la tarifa general, en la misma factura si hace falta.

05

Guarda el XML siete años

Y le permite descargarlo. Si cambia de proveedor, sus facturas se van con usted.

06

Ya factura en producción

Probar en el ambiente de pruebas del SRI no es lo mismo que facturar con la firma de un centro real. Pregunte cuál es el caso.

Nuestra propia respuesta

Dónde está RAIDZERO hoy.

Lo justo es decirlo con la misma vara.

SRI

Validado en pruebas

La facturación de RAIDZERO está validada en el ambiente de pruebas del SRI, y el tope de US$50 a consumidor final se controla antes de cobrar.

Producción

Con la firma de cada centro

Aún no está instalado en ningún centro. En producción, cada centro factura con su propia firma electrónica. Por eso lo ve funcionando antes de pagar.

¿Quiere saber cuánto costaría? Está en la guía cuánto cuesta un sistema para un centro médico.

Preguntas frecuentes

Lo que preguntan los médicos.

¿Un médico puede emitir notas de venta en lugar de facturas?+

En general no. Los servicios profesionales, los que requieren título de tercer nivel como la medicina, la odontología o la psicología, están excluidos del RIMPE, así que el médico tributa en el régimen general y emite facturas electrónicas. Su contador confirma el caso concreto.

¿La consulta médica lleva IVA?+

Los servicios de salud humana tienen tarifa 0 % de IVA, pero igual se emite la factura electrónica al paciente. Los procedimientos estéticos sin fin reconstructivo pueden llevar la tarifa general: confírmelo con su contador.

¿Hasta cuánto puedo facturar a consumidor final?+

Hasta US$50 de importe total. Lo comprobamos en el ambiente de pruebas del SRI: una factura de US$50,00 a consumidor final fue autorizada y una de US$50,01 fue rechazada. Por encima de ese valor, la factura va con la cédula o el RUC del paciente.

¿Necesito comprar un sistema para facturar electrónicamente?+

No. El SRI ofrece un facturador gratuito en línea, sin límite de comprobantes, que funciona con su usuario de SRI en Línea y su firma electrónica. Un sistema conviene cuando la factura debe salir de la agenda o de la caja sin volver a escribir los datos, o cuando factura mucho cada día.

¿Cuánto tiempo debo guardar las facturas electrónicas?+

Siete años, según el Reglamento de Comprobantes de Venta, Retención y Documentos Complementarios. Guarde el XML autorizado, no solo el PDF.

Fuentes

SRI: contribuyentes obligados a emitir comprobantes electrónicos. Transmisión inmediata: El Diario, 5-ene-2026. Médicos fuera del RIMPE e IVA 0 %: Extra, 27-may-2026. Conservación por siete años: Primicias, citando al SRI. RUC del proveedor del sistema: El Mercurio, 28-jul-2026. Tope de US$50: prueba propia en el ambiente de pruebas del SRI, 5-nov-2026.

Demostración de 15 minutos

¿Quiere verlo facturando?

Le mostramos RAIDZERO emitiendo una factura de consulta en el ambiente de pruebas del SRI: del cobro a la autorización, con el control del tope de US$50. Si ya tiene un sistema, le decimos con franqueza si cumple lo de esta guía.